GoboLinux é uma distribuição alternativa, que redefine toda a hierarquia do sistema de arquivos. O principal enfoque desta hierarquia alternativa é armazenar todos os arquivos pertencentes a uma aplicação em sua própria árvore de diretórios com caminhos como /Programs/GCC/2.95.3/lib. Para possibilitar que o sistema encontre esses arquivos, eles são agrupados de forma sistemática em diretórios como System/Links/Executables, que contém os links para todos os arquivos executáveis dentro da hierarquia dos programas.
Este modelo contrasta com a estrutura tradicional dos sistemas Unix, que contém caminhos como /usr e /etc, mas existem links para garantir a compatibilidade do sistema com a estrutura tradicional.
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